甘肅中醫藥大學藏醫學院與甘南州衛生學校為兩塊牌子、同一建制。甘南州衛校從1979年起就開辦藏醫士中專教育。1989年，經甘肅省政府同意、甘肅省教委批準，甘南州人民政府和甘肅中醫學院（現為甘肅中醫藥大學）在甘南衛校聯合開辦藏醫大專班，設立甘肅中醫學院藏醫系。2001年擴大為藏醫學院，設置5年制藏醫學本科專業。 2009年藏醫學專業獲得碩士學位授予權。2013年開始招收碩士研究生。同年，經國家教育部批準設置藏藥學4年制本科專業并招生。（甘南衛校1979年建校。2006年被甘肅省教育廳評定為“省級重點中等職業學校”，2010年被國家教育部評定為“國家級重點中等職業學校”，是甘南州迄今為止唯一一所國家級重點中等職業學校。）
