學院前身內蒙古工業學校，創建于1952年9月，原名扎蘭屯工業學校。1953年7月經內蒙古自治區政府工業部批準更名為“內蒙古工業學校 ”，1956年8月由扎蘭屯遷到呼和浩特現址至今，是新中國成立后內蒙古自治區成立的第一所工科類中等專業學校。2003年5月經自治區人民政府批準，獨立升格為高等職業技術學院，更名為內蒙古機電職業技術學院，隸屬于自治區教育廳。2006年根據自治區黨委、政府的統一要求，將成立于1956年的原內蒙古水利學校整體并入內蒙古機電職業技術學院，使學院的辦學空間和專業領域進一步拓展，辦學實力明顯增強。建校56年來，共培養出27000多名畢業生。
學院現有在校生9963人，學生來源于全國7個省、市、自治區。設有機電工程系、電氣工程系、冶金與材料工程系、水利與土木建筑工程系、信息與管理工程系、公共管理系等7個教學系部。學院根據自治區產業結構調整升級和發展綠色循環經濟對人才的新需求，加強專業和專業群建設，依托傳統優勢專業，增設新專業，形成能源、冶金、制造、水利等4個專業群，開設機電一體化技術、數控技術、電氣自動化技術、材料工程技術、電廠熱能與動力裝置、建筑工程技術、水利水電建筑工程等33個專業。初步建立起以機械制造、機電、自動控制、冶金材料、水利工程為主，以信息、管理為輔的專業結構體系。學院是教育部、國防科工委、中國機械工業聯合會開展數控技術應用專業領域技能型緊缺人才培養培訓基地。
