現有20個學院
1、信息科學與工程學院(廈門校區)
2、計算機科學與技術學院(廈門校區)
3、材料科學與工程學院(廈門校區)
4、化工學院(廈門校區)
5、機電及自動化學院(廈門校區)
6、土木工程學院(廈門校區)
7、建筑學院(廈門校區)
8、經濟與金融學院(泉州校區)
9、工商管理學院(泉州校區)
10、旅游學院(泉州校區)
11、法學院(泉州校區)
12、文學院(泉州校區)
13、華文學院(廈門校區)
14、外國語學院(泉州校區)
15、公共管理學院(泉州校區)
16、數學科學學院(泉州校區)
17、美術學院(泉州校區)
18、體育學院(泉州校區)
19、哲學與社會發展學院(廈門校區)
20、音樂舞蹈學院(廈門校區) 21、工學院(泉州校區)
22、生物醫學學院(泉州校區) 、廈門工程技術學院(廈門市翔安區)