學院設有7系,即生態工程系、資源環境系、應用技術系、生物技術系、經濟貿易系、計算機技術系、人文社科系，
生態工程系
黑龍江生態工程職業學院生態工程系，原名林學系，成立于1981年。2004年在原林學系基礎上成立了生態工程系。生態工程系現有專兼職教師32名，其中教授3名，副教授4名，講師13名，省級教學名師1名，省級優秀教師2名，省級教學新秀1名，博士1名，在讀博士研究生6名，具有碩士學位教師14名，在讀碩士研究生5名；雙師型教師26名，占專任教師的比例為84%以上。下設園林教研室、林業教研室、園藝教研室、植物生態教研室等四個教研室，其中園林教研室在2007年被評為省級優秀教學團隊。《園林植物育種技術》、《園林規劃設計》、《花卉生產技術》被評為省級精品課程。
生態工程系現開辦四個專業，以園林類專業為主，設有園林技術、園林工程技術、環境藝術設計(景觀藝術設計方向)、林業技術等四個專業，是黑龍江省高職高專教育園林類專業教學指導委員會秘書長單位。其中園林技術專業被列為黑龍江省高職高專骨干院校的重點專業，2011年被列為中央財政支持的職業教育實訓基地建設項目，2012年被列為中央財政支持重點專業建設項目；林業技術專業被列為黑龍江省重點建設專業。該系現有在校生人數777名。生態工程系現有園林設計、組織培養、植物保護、植物環境、園林機械、種苗、花卉應用、環藝設計等實訓室，并建有苗木花卉生產、植物園等校內實訓基地。同時與多家科研院（所）、園林綠化公司、苗圃、環藝設計公司等相關企業協作建立了校外教學實習、崗位實訓基地，為高技能應用型人才培養奠定了基礎。
本系承擔和參加了黑龍江省森工總局教育規劃課題、國家自然科學基金、黑龍江省教育廳、黑龍江省森工總局青年基金課題等科研項目20余項，出版著作和教材20余部，發表論文70余篇，在科研和科技服務方面取得豐碩成果。
由生態工程系學生組成的團隊在多次大賽中獲獎。2011年組建的卓越創業團隊參加中國移動杯大學生創業大賽，在全省大專院校位列第12名，并獲得了優秀創業團體獎，兩位教師獲得優秀指導教師獎的好成績；在第十二屆黑龍江省插花花藝比賽中，作品《意茗》、《生命之歌》、《新生》分別獲得一、二、三等獎；在第五屆黑龍江省大學生冰雕藝術設計大賽中，作品《銀杏家園》榮獲制作類最佳表現獎；在全國第二屆大學生冰雕藝術設計大賽中，作品《冰界精靈》榮獲最佳創意獎；在黑龍江省第十屆雪雕大賽中，雪雕作品《融合》榮獲銅獎，《飛翔》、《律動》獲得優秀獎；由黑龍江省插花花藝研究會和東北林業大學園林學院聯合舉辦的平面干燥壓花畫大賽，參賽學生隊伍獲得平面壓花畫大賽電腦壓花設計二等獎和兩個優秀獎的好成績。
生態工程系以立足生態環境建設，培養高技能型人才，服務生產建設第一線為辦學宗旨，加強雙師型師資隊伍建設，提高教學水平，為社會培養了大批生態環境建設方面的技能型、應用型高端人才。畢業生就業于哈爾濱及省內外園林綠化公司和林業等部門，2010、2011年畢業生就業率達90%以上。
資源環境系
資源環境系成立于2006年，是具有學院環保辦學特色的教學系（部），主要承擔學院的環保類專業的人才培養工作。現下設生態保護、環境工程和環境管理3個教研室。現有專兼職教師22名，其中專任教師16名，教授1名，副教授2名、高級工程師2名、講師11名，具有碩士學位教師12人、在讀博士學位教師3名，專業帶頭人5名，骨干教師7名，具雙師型教師12人。該系有國家財政支持項目1項，省級骨干校重點專業建設項目2項，省級精品課1門，院級精品課3門。
該系現開設資源環境與城市管理、環境監測與治理技術、環境監測與評價、室內檢測與控制技術4個專業，在校生人數405名。現有環境化學、環境監測、大型儀器分析、環境信息、水污染控制、大氣污染控制實訓室6個。
該系與黑龍江省森林工業總局環境監測站、龍江環保集團股份有限公司、哈爾濱北方環保公司、哈爾濱利林污水處理廠、大慶市東城區污水處理廠、格瑞尼室內環境檢測有限公司、哈市垃圾發電廠、哈市向陽垃圾填埋廠、哈爾濱市環境監測中心站等20多個企事業單位建立了校企合作關系，為學生更好的實習實踐，提高職業技能創造良好的環境和條件。
該系在科研和科技服務方面，主持和參與黑龍江省教育廳、黑龍江省森工總局等科研項目10余項，主編和參編高職高專類教材10余部，發表學術論文50余篇。
該系學生曾獲天虹杯全國高職高專環保類專業環境監測技能大賽獲團體和個人三等獎。該系已為城市污水處理、環境監測與控制等企事業單位或部門，培養畢業生979人，近三年就業率90%以上。
應用技術系
應用技術系前身為創建于1953年的東北森林工業實驗學校的森林工程系和林產工業系，2004年4月兩系合并組建環境工程系，2006年7月更名為應用技術系，是學院辦學歷史最長和最能體現高職應用性特色的教學系。設有家具技術、藝術設計、建筑技術、機電設備、應用數學5個教研室。現有教職工56名，專職教師37名，兼課教師10名，專職輔導員9名；具有博士學位教師1名，碩士學位（含在讀碩士研究生）教師22名。專職教師中教授3名，副教授13名（含高級工程師），講師11名；兼課教師中教授（含研究員）3名，副教授（含副研究員）7名。系內現有省級名師1名，專業帶頭人7名，骨干教師12名，雙師素質教師26名。2008年，黑龍江省教育廳批準該系室內設計技術專業為省級優秀教學團隊，《工程測量與地形圖測繪》課程為省級精品課。2011年，黑龍江省教育廳批準該系家具設計與制造、室內設計技術兩專業為省級重點專業。
該系現開設家具設計與制造、木材加工技術、室內設計技術、建筑工程技術、工程監理、應用電子技術、通信技術、汽車技術服務與營銷等8個專業，在校生1780名。設有美術繪畫、工程設計、室內設計、裝飾技術、建材檢測、工程測量、電器安裝等校內一體化實訓室，與校外60多家企業建立了校企合作關系，頂崗實習和就業基地100多處。近三年畢業生就業率達95％以上。
該系注重教師學術及科研水平的提高，學術科研成果豐碩。已主持參加出版教材及教學參考書共30余部，主持完成科研與教研課題10余項，主持完成國家標準和林業行業標準10余項，獲得省及地市級自然科學技術和教育科學研究成果獎20余項，在各類學術刊物上發表論文200多篇。
該系注重學生職業技能的培養，已先后獲得黑龍江省職業院校職業技能大賽家用電器產品維修三等獎1項，優秀獎3項，電子產品設計及制作三等獎1項；電子設計(嵌入式產品開發)三等獎1項；基站建設維護及數據網組建二等獎1項；芯片級檢測維修與信息服務二等獎1項；三網融合與網絡優化三等獎1項。獲得哈爾濱市家具行業協會黎華家具城杯家具設計大賽二等獎1項、三等獎2項，優秀獎8項，入圍獎63項；中國建筑學會室內設計分會和成新人杯全國青年學生室內設計競賽鼓勵獎3項，入圍獎28項；黑龍江省文學藝術聯合會藝術設計新人獎13項；黑龍江省大學生職業生涯設計競賽優秀獎3項；黑龍江省大學生演講大賽二等獎2項。
展望未來，應用技術系將根據學院的發展定位，圍繞區域和社會經濟發展的需要，重點在現代城市建設、改善人居環境、新能源利用等方面培養高端技能型專門人才，并為黑龍江省森工林區培養急需的應用性人才，不斷創新現代高等職業教育的理念，把握教學規律和特色，全面提高專業教師的業務水平和職業素養，為把學院建設成為省級骨干高職院校做出應有的貢獻。
生物技術系
生物技術系成立于2004年，其前身是林業多種經營系，是我院最具發展空間和潛力的教學系，下設食品、中藥、基礎三個教研室，現有專職教師27名，其中骨干教師2名，專業帶頭人3名；教授1名，副教授7名，講師10名；碩士及在讀碩士教師14名，具有中藥執業藥師或國家二級公共營養師資格的雙師型教師11名，另從合作單位聘請具有豐富實踐經驗的10余名專業技術人員作為兼職教師，承擔專業技能課的授課任務。形成了以教授、副教授為專業帶頭人，以雙師型教師為骨干，以兼職教師為技術指導，結構合理、工學結合、素質優良的專業教學團隊。現開設中藥（鑒定與營銷方向）、食品營養與檢測和中藥制藥技術三個專業，面向全國招生。
教學上該系注重學生實踐能力的培養，強化實踐教學，融教、學、做一體，使學生在學習期間能夠熟練掌握專業職業技能，目前擁有藥用植物、中藥鑒定、中藥制劑、中藥炮制、中藥標本館、食品營養與檢測、食品工藝、食品微生物等9個實訓室，能夠滿足各專業的教學需求。本著從職業崗位需求出發，堅持工學結合的辦學理念，積極與哈藥集團中藥二廠、哈藥集團三精制藥股份有限公司、哈藥集團世一堂制藥股份有限公司、珍寶島制藥股份有限公司、葵花制藥股份有限公司、哈爾濱三木制藥股份有限公司、長春新安藥業有限公司、哈爾濱正大食品有限公司、佳木斯順達食品有限公司、德州雙匯食品有限公司、天津完達山乳品有限公司等多家單位建立了協作關系，為學生提供實習、實訓場所，結合頂崗實習，達到與職業崗位接軌的要求。學生在校通過專業技術教學和考核，可全部獲得相應專業職業技能證書。幾年來培養的畢業生深受用人單位歡迎，就業質量高，就業率始終保持在95%以上。
經濟貿易系
經濟貿易系成立于2003年，前身是具有50余年歷史的經濟管理系。現有教職員工29名，其中專任教師22名，教授1名，副教授10名，雙師型教師16名。形成了一支以副教授為學科帶頭人、以雙師型教師為實踐教學骨干的、具有較高專業素養和業務能力的專業教師隊伍。近幾年累計承擔各級科研項目 15項，發表學術論文50余篇，出版教材17部。
經濟貿易系下設商貿、管理基礎、財經三個教研室，著力培養會計、市場營銷、物流管理等方面的高素質技能型人才。2012年將開設市場營銷、市場營銷（連鎖零售管理方向）、會計（注冊會計師方向）、會計（會計電算化方向）、物流管理等四個專業。經濟貿易系擁有現代化的校內市場營銷、會計綜合實訓室 2 個， 供學生實際動手操作。共有13個校外實習實訓基地，今后著力加強校外實習（實訓）基地建設，力爭所有專業都擁有校外實習實訓基地三處以上。
經濟貿易系現有學生1014名，學生來自全國10多個省、市、自治區。近幾年畢業生就業率均在95%以上，取得了良好的社會效益。多年來，培養了一批又一批的優秀人才，畢業生廣泛分布于管理、經貿、財務領域的多個部門和崗位，均能很好地勝任本職工作，成為業務骨干，有些已經走上了領導崗位。
2012年經濟貿易系將著眼于未來人才市場發展的需要，積極探索，科學預測，在理念創新、教學改革、專業建設、實訓基地建設等方面將做出更加輝煌的成績。
人文社科系
人文社科系是我院具有文科特色辦學的教學部門之一。經過多年的發展，現已有旅游、中文、外語3個教研室，專任教師35名。其中教授3名，副教授10名，講師17名，助教5名，雙師型教師22名。專職輔導員3名。形成了以骨干教師為專業帶頭人，教授、副教授為學科帶頭人，校內外雙師教師為實踐性教學骨干的專業教師隊伍。截止目前，教師出版著作38部，發表論文220余篇，完成地市級以上教學科研課題21項。
經過市場的詳細調研和實踐的充分驗證，現已開辦的旅游管理、酒店管理、會展策劃與管理、旅游英語、文秘5個專業，受到社會的一致好評。各專業以崗位能力為牽引，理論教學實行模塊化，以任務驅動為引領，以完成任務使學生能力得到逐步提高。實踐教學內外互補，校企合作育人。為滿足學生實訓的需要，建設了旅游管理專業和酒店管理專業省內一流的實訓基地學院培訓中心、形體禮儀實訓室、模擬導游實訓室、會展教學做一體化實訓室等。同時，為強化學生的實踐技能，擁有了一批良好合作基礎的實習基地。經過與杭州寶盛旅業有限公司、上海亞灣酒店管理公司、哈爾濱香格里拉大飯店、哈爾濱萬達索菲特大酒店、黑龍江省旅游培訓中心、哈爾濱華融旅行社有限公司、五大連池日河等多家旅行社、哈爾濱市太陽島風景區資產經營有限公司、哈爾濱長城展覽有限公司、哈爾濱中信偉業展覽有限公司、哈爾濱名海展覽服務有限公司、哈爾濱冰洽園展覽服務有限公司等企業的友好合作，校企聯系更加緊密。2011年，我系酒店管理和會展策劃與管理專業被批準為黑龍江省重點專業建設項目。
經過多年的發展，辦學成績得到了社會的承認。其中，會展策劃與管理專業是黑龍江省開辦最早的院校之一，與省內外用人單位有著廣泛而緊密的聯系，業內知名度逐漸提高，被哈爾濱市會展辦命名為哈爾濱市會展業人才培訓基地。酒店管理專業實行訂單式培養，校企合作，特色鮮明。截至目前，我系已為社會培養1000與名合格高職畢業生，畢業生就業率高達95%以上，得到用人單位的好評。
計算機技術系
計算機技術系成立于2001年，是學院教學水平高、就業好、教學設備先進、設施齊全的教學部門。該系下設網絡與通信、軟件技術、圖像與動漫三個教研室。現有專兼職教師30多名，其中專任教師16名，教授3名，副教授3名，講師和工程師20多名。專任教師中在讀博士1名，具有碩士學位的3名，在讀碩士4名。教師絕大多數具有雙師素質，專業水平高，技術能力強，并且品德高尚，關愛學生，為人師表，教書育人，既是學生的專業教師，又是其人生導師，深受學生歡迎。該系人才培養成果顯著，創建以來已培養出高職、成人等各類計算機專業技術人才800多名。
該系現開設計算機網絡技術、軟件技術、動漫設計與制作、圖形圖像制作（平面設計）4個專業，擁有計算機網絡技術教、學、做一體化室、軟件技術實訓室、平面設計實訓室、動漫設計實訓室、計算機組裝與維修實訓室、繪畫室等十個實訓室，微機總量近400臺，全部是高配置的聯想品牌機。該系教學手段先進，實訓室和微機室都裝有先進的多媒體網絡教學系統，所有微機都連成局域網并可通過校園網高速訪問因特網，教學過程中全部實行多媒體課件教學。
該系在教學上注重學生專業技能培養，強化實踐教學環節，加大專業實踐力度，各專業實踐教學比例均超過60%。為了更好地培養學生的專業技能并學以致用，在教學過程中通過任務或項目驅動、案例教學、啟發式教學、教學雙向互動等方式方法將教、學、做有機融于一體。將教學與實際應用相結合，使學生的知識、能力與實際工作崗位要求相接軌。
該系重視應用科研和教研工作，科研成果豐富，教師主持編寫并公開出版教材6部，發表學術論文60余篇，完成地市級以上科研課題10余項，教師主持的軟件開發項目10余項，部分軟件已投入使用。
該系已加入了思科網絡技術學院理事會，成立了思科網絡技術學院。還同多家網絡公司、軟件公司、圖文設計公司、動漫設計與制作公司建立了校企合作關系，現擁有10多個校外實習實訓基 地，能充分 滿足各專業學生實習實訓的需要。
為了發揮學院和著名IT類企業集團雙重優勢，更好地培養計算機類高職人才，提高學生就業質量，從2010年起，計算機技術系與安博集團開展專業共建，實行訂單式培養，入學后安博集團與學生簽訂就業協議，前兩年在校內利用安博集團的網上實訓平臺進行教學和實訓，然后在安博集團大連實訓基地進行項目實訓，最后在專業對口企業帶薪頂崗實習，畢業時安博集團給安排工作。工作地點可自行選擇在大連、天津、北京、上海、蘇州、昆山、哈爾濱、長春、濟南等地，不僅就業地區好而且工資和待遇都較高。
共開設環境治理技術、環境監測與評價、園林工程技術、園林技術、建筑工程技術、應用電子、通信技術、室內設計技術、工程監理、食品營養與檢測、會計、市場營銷、軟件技術等30多個專業。
