學校設置有13個專業學院：教育學院、外國語學院、資源環境學院、理學院、美術學院、音樂學院、商學院、政法學院、馬克思主義學院、體育學院、信息技術工程學院、文學院、成人教育（高等職業技術）學院。在47個本科專業中，美術學專業是國家級特色專業；環境化學、人文地理學是省級重點建設學科；美術學、地理科學、藝術設計專業是云南省高等學校特色專業；泰語專業是云南省小語種重點建設專業；湄公河次區域民族民間文化傳習實驗中心是云南省高等學校本科實驗教學示范中心，2011年該實驗中心被中國藝術人類學學會授予中國藝術人類學學會第一個非物質文化遺產傳承與保護工作站稱號；環境化學、開放源代碼兩個實驗室為省級重點建設實驗室。《中國古代文學史》、《無機化學》、《工筆重彩畫》、《籃球》等課程為省級精品課程，應用型法律人才培養模式創新實驗區被評為省級人才培養模式創新實驗區。學校建設有3個校級研究所：民族文化與社會發展研究所、玉溪經濟社會發展研究中心、玉溪師院大學生美育與素質拓展研究中心，其中民族文化與社會發展研究所與北京大學漢語語言學研究中心聯合建設的語音樂律實驗室已建成并投入使用。
